يتميز كتاب المجتبى بمنهجية واضحة في تقسيم المواضيع مقارنةً ببقية الكتب الستة. فقد أورد إميم النسائي عناوينَ أكثر دقةً بين النقاط الأكثر شيوعًا في عناوين الكتب الستة الأخرى، مما يدل على دقة هذه النقاط. وكأنما نظر في كيفية تسمية هذه الروايات للفصول، ورأى ضرورة وجود هذه الفصول الإضافية بينها، إذ يمكن الاستناد إلى هذه الروايات لدعم هذه النقاط الإضافية. ويتضح هذا جليًا لكل من قرأ الكتب الستة جميعها، وقارن بين الفصول التي أورد فيها كل جامع روايةً معينة، فضلًا عن تجميع الفصول ذات الصلة.

تغطي مواضيع متنوعة مثل الإخلاص، الآداب، الصلاة، الصيام، وبر الوالدين.

الكتاب في أصله عبارة عن دروس علمية ألقاها الشيخ (نحو 14 درساً) ثم فُرغت ونُسقت في هذا المجلد